该款规定的原则是，当本谅解的规则和程序与附件2所列的特殊或附加规则和程序存在差异时，应以附件2中的特殊或附加规则和程序为准。对于何为“存在差异”，上诉机构曾经在“危地马拉水泥案中”指出，“只有在DSU中的规定和某个协定的特别或附加程序和规则不能被认为是互补时，特别或附加程序和规则才能优先适用。也就是说，如果它们之间存在冲突时，特别或附加程序和规则才能优先适用。”实践中，专家组或上诉机构总是尽可能的协调和解释、适用它们。特殊或附加规则和程序只是对特定的具体事项的规定，不能取代“谅解”对整个争端解决制度的规定。[1]
在WTO争端解决案件中，一项争议涉及两个以上的协定是很常见的。例如，在“印尼汽车产业案”[2]中，就涉及《补贴与反补贴协定》、《与贸易有关的投资措施协定》和《与贸易有关的知识产权协定》等。如果两个协定都有特殊规定并且相抵触，则当事双方应进行协商，确定适用于本案的规则和程序。如果双方在自专家组设立后20日内达不成协议，则任何一方都可以请求DSB主席确定规则和程序，而DSB主席经与当事方磋商，必须在接到请求后10日内完成这项任务。DSB主席遵循的原则是，尽可能使用特殊或补充规则，而本谅解的规则和程序只应在没有抵触的情况下使用。因此，DSB主席应尽量使用现有规则，而不是另创一套新规则。