民间秘密宗教尽管受到清政府的禁止，但在社会上却有广泛的群众基础，传播流衍，旋起旋灭，大有愈禁愈烈之势。许多民众反抗活动皆与民间秘密宗教有关。胡思敬在《驴背集》中说：“光绪二十六年庚子春，山东义和拳大起。义和拳即八卦会匪，与白莲教异派同源。匪首郜文生，商邱人，倡乱乾隆中叶，旋被执诛死。嘉庆时再炽，由河南扰及曹州，给事中周延森发其事，朝命那彦成讨平之，尽灭其党，悬为例禁。自西人入中国传教，良懦多受欺凌，拳匪因民之勿忍也，遂劫众以叛，声言保清灭洋，不伤害良民。”[27]民间秘密宗教反映了一部分下层民众的愿望。鸦片战争以前，他们主要和封建政府对抗，鸦片战争后，当西方列强成为中华民族大敌的时候，中国人民则以民间秘密宗教为号召，为斗争形式，展开对外来侵略者的抗争。
第三节　佛教与佛学
佛教是发源于印度次大陆，而比基督教、伊斯兰教更为古老的宗教。早在汉代时佛教就已传入中国，植根于神州大地，逐渐实现了中国化的演进。到了明清，人们不再把佛教视为外来宗教，已经把它和中国人的信仰生活密切地结合在一起了。在清代，君主专制统治达到登峰造极的程度，宗教势力被摒于国家政权之外，受到一定的抑制，佛教亦不例外，呈现出衰落的趋势。这种状况一直延续到晚清。晚清时期的佛教由于受到社会动荡和社会变革的影响，衰落之势日甚一日，但在一批文人当中，佛学却悄然兴起，风行一时，形成晚清佛教文化发展中的一大奇观。本节分别从佛教、佛学两个方面略作叙述。